 Nelle isole Ponziane rimangono abbastanza integre le specie poco visibili o invisibili, gli insetti; sono estinte tutte le specie selvatiche dei mammiferi terrestri, e i mammiferi marini stanziali.
E' estinta la foca monaca, mammifero marino che un tempo abitava in buon numero le grotte sommerse di cui le Isole Ponziane sono ricche. Tra i rettili assenti le Vipere, e' presente il Biacco: nel sottordine dei Sauri possiamo citare il Geco e la Tarantola; notevole diffusione ha la Lucertola campestre, un po' su tutte le Isole e persino sull'isolotto di Gavi e sullo Scoglio del Cappello di Palmarola. Estinte risultano le Tartarughe Marine, un tempo numerose. Sull'isola di Palmarola e in rari esemplari anche a Ponza si puo' ammirare il falco pellegrino.
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